謎團一：幽幽地宮深幾許？
司馬遷說“穿三泉”，《漢舊儀》則言“已深已極”。說明深度挖至不能再挖的地步，至深至極的地宮究竟有多深呢？
根據最新鉆探資料，秦陵地宮并沒有人們想像的那么深。深度應與芷陽一號秦公陵園墓室深度接近。地宮坑口至底部實際深度約為26米，至秦代地表最深約為37米。但是否如此尚有賴于考古勘探進一步驗證。
謎團二：地宮設有幾道門？
秦陵地宮門道數量問題，其實《史記》中早有答案。只是未引起學者們的重視罷了。《史記》清楚地記載：“大事畢，已藏，閉中羨，下外羨門，盡閉工匠藏，無復出者。”
棺槨及隨葬品全部安置放在中門以內。工匠正在中門以內忙活，突然間“閉中羨門，下外羨門。”工匠“無復出者”，也成了陪葬品。這里涉及既有中羨門，又有外羨門，其中內羨門不言自明。地宮三道門似乎無可辯駁。值得注意的是司馬遷中羨門用了個“閉”字，外羨門則有了個“下”字，說明中羨門是可以開合的活動門，外羨門則是由上向下放置的。中羨門可能是橫向鑲嵌在兩壁的夾槽中，是一道無法開啟的大石門。內羨門可能與中羨門相似。三道羨門很可能在一條直線上。
謎團三：“上具天文”作何解釋？
秦陵地宮“上具天文，下具地理”的記載出自《史記》，其含義是什么？
著名考古學家夏鼐先生曾推斷：“‘上具天文，下具地理’應當是在墓室頂繪畫或線刻日、月、星象圖，可能仍保存在今日臨潼始皇陵中。”近年來，西安交大漢墓發現了類似于“天文”“地理”的壁畫。
上部是象征天空的日、月、星象，下部則是代表山川的壁畫。由此推斷，秦陵地宮上部可能繪有更為完整的二十八星宿圖，下部則是以水銀代表的山川地理。在這座有著象征天、地的地下“王國”里，秦始皇的靈魂照樣可以“仰觀天文，俯察地理”，統治著這里的一切。
謎團四：地宮埋“水銀”之謎
始皇陵以水銀為江河大海的記載見于《史記》，《漢書》中也有類似的文字。
至于地宮為何要埋入大量水銀？北魏學者酈道元的解釋是“以水銀為江河大海在于以水銀為四瀆、百川、五岳九州，具地理之勢”。原來是以水銀象征山川地理，與“上具天文”相對應。
謎團五：地宮珍寶知多少？
“《史記》明文記載的有“金雁”“珠玉”“翡翠”等。其他還有什么稀世之寶誰也不清楚。不過上世紀80年代末考古工作者在地宮西側發掘出土了一組大型彩繪銅車馬。車馬造型之準確，裝飾之精美舉世罕見。之前，考古工作者還發掘出土了一組木車馬，除車馬、御官俑為木質外，其余車馬飾件均為金、銀、銅鑄造而成。地宮外側居然珍藏了如此之精美的隨葬品，那么，地宮內隨葬品之豐富、藏品之精致是可想而知的。
謎團六：秦始皇使用銅棺還是木槨？
秦始皇使用什么樣的棺槨？《史記》、《漢書》均未明確記載。司馬遷只留下一句“下銅而致槨”的含糊記錄。于是有學者據此得出秦始皇使用的是銅棺。但從文獻記載而言，秦始皇未必使用的是銅棺。《史記》、《漢書》明文記載：“冶銅錮其內，漆涂其外”“披以珠玉，飾以翡翠”“棺槨之麗，不可勝原”。這里“漆涂其外”“飾以翡翠”的棺槨恐怕只能是木質的了。如果是銅棺或石棺肯定用不著土漆涂其外，而只有木棺才可能使用土漆。
從先秦及西漢的棺槨制度考察，使用“黃腸題湊”的大型木槨是當時天子的特權。自命功勞大過三皇五帝的秦始皇不可能放棄“黃腸題湊”的木槨而改用其它棺槨。
謎團七：地宮有沒有空間？
陵墓主持者之一李斯則說：“鑿之不入，燒之不燃，叩之空空，如下無狀。”李斯這段話如果記載無誤，那地宮明顯有個外殼。李斯曾以左丞相身份親自主持過陵墓工程，應對地宮的構造了如指掌。如果按李斯所言可以推斷秦陵當是一座密封的、真空的大地堡式地宮。不然怎么會“叩之空空”？又怎么會“燒之不燃”？
按文獻記載推理地宮是空的，且有較大的空間，但由于考古勘探尚未深入到地宮的主要部位，所以地宮內部究竟是虛是實還是個謎。
謎團八：自動發射器
秦始皇在防止盜墓方面也苦費心機。《史記》記載：秦陵地宮“令匠作機弩矢，有所穿進者輒射之”。指的是這里安裝著一套自動發射的暗弩。如果記載屬實的話乃是中國古代最早的自動防盜器。
秦代曾生產過連發三箭的弓弩。但是安放在地宮的暗弩當是一套自動發射的弓弩。當外界物體碰到弓便會自動發射。2200多年前的秦代何以生產如此高超的自動發射器也是一大謎。
謎團九：秦始皇遺體完好嗎？
20世紀70年代中期長沙馬王堆漢墓“女尸”的發現震驚中外。其尸骨保存之完好舉世罕見。由此，有人推測秦始皇的遺體也會完好地保存下來。
秦始皇死在出巡途中，且正值酷暑時節，經過50余天的長途顛簸，9月才終于運回咸陽。
秦始皇由死到下葬間隔近兩個月。根據當代遺體保護經驗，一般遺體保護須在死者死后即刻處理。如若稍有延誤，尸體就開始變化。秦始皇尸體運回咸陽等不到處理恐怕早已面目全非了，據此推測秦始皇遺體保存完好的可能性很小。
以上謎團只是秦陵地宮眾多謎團之冰山一角。隨著中國考古研究工作的深入和高科技探測技術的實際運用，秦陵地宮終有一天將再次震驚世界。
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